必須給每種生物工程設計出較適宜的容器系統，而且對 在容器里發生的生物過程，能進行監測和控制。這種容器系 統就是發酵罐，它為生物催化劑提供一個物質環境，使其在 那里與底物發生相互作用。發酵罐種類很多，從簡單的攪拌 罐到裝配不同水平計算機輸入信號的復雜整合系統。有兩種 不同類型的發酵罐或容器系統。
1種主要是非無菌的，不 絕對要求用嚴格純培養的微生物來工作，例如釀酒、面包酵 母的生產、排水處理系統等。
第二類是生產這些化合物，要 求嚴格無菌操作，例如杭菌素、氛基酸、多糖和單細胞蛋白 的生產，在這類發酵罐中必須排除異種微生物，這使工程建 設和操作都遇到一些麻煩。
不論哪種發酵罐，主要目標還是使生物的生長和生物生 產的某一產物，處于jia狀態。為了達到這一目的，必須設 計出較適宜的培養條件，包括下列各項:有能源，有滿足生 物需要的主要營養物質，在培養基中沒有起抑制作用的化合 物，接種可靠以及級較有利的物理化學條件等