發酵罐有封閉式和開放式兩大類，所謂封閉式體系是指 該體系在發酵過程中沒有物質添入或從發酵罐取出，因之在 傳統的分批或封閉發酵體系巾，所有營養成分在發醉開始時 一次投入，其結果是在該體系中生物的生長速率因為在發酵 過程中營養成分的逐漸消耗或有害物質的逐漸積累后遞減 到零.正因為這個原因在封閉式發酵過程中生物的代謝總是 處于不斷變化著的狀態。目前大多數生物工程過程是以這種 方式進行的，故必須使其條件jia化以期獲得所需產品的較 大產量，啤酒釀造，杭菌素和酶的生產等等即屬此類。
工業生產用的發酵大小范圍可以從10000升到200000升，巨型的400000。升的反應器較近也已投入使用。 較小的發酵罐主要用于價格昂貴、體積小的產品，如某 些酶類和化學試劑。而較大一些的發酵罐則廣泛用于生產抗 菌素和有機酸等。
對分批發酵的改進是分批填料體系，大量營養物質可以 在發酵過程中添加進去，以補充營養的消耗或者起新化合物 的選擇性激活劑的作用，面包工業的酵母生產即是這方面的 例子。不過體系還是封閉式的，因為并沒有連續性的物質流 出.
與此相反的是，如果一個發酵體系的所有成分，如生物 和營養物質能不停地進入發酵罐和離開發酵罐，則稱之為開 放式體系。這種開放式的連續流動的發酵體系，不斷地有新 鮮營養物質輸入，并不斷地有生物量或其他產品輸出