在發達國家發酵罐的設計多趨向于采用昂貴的不銹鋼或 鋼制的反應器。其實廉價的材料如木質、塑料或混凝土也能 使用，這對于許多發酵過程并沒有太大的損害。為了經濟上 的原因，發達國家的發酵，主要以需氧過程為目標，這就需 要昂貴的設計(高工藝)以保證有充足的氧氣傳送，與其這 樣，倒不如用更大的努力來發展厭氧的發酵(工藝要求低) 以生產主要產品。
工業單生物學中主要要求純培養物，這種體系的優點很 明顯，誰也不會反對，可是它要求價昂的滅菌方法和有熟練 操作人員來控制。許多發酵體系盡管有輕度的微生物污染， 但工作得十分成功。如沿此方向發展，流程運轉的花費會成少，對操作人員的技術熟練程度的要求也會低一些。 現代發酵技術較終是主要依賴精密的檢測儀器，之所以 如此，部分原因是熟練工人工資的日益提高。但是在發展中 國家人力充足，如用人力對正在運轉的體系進行觀察和調節 就更合算一些。
總之，可以這么說，生物工程大部分是必須包含于一定 范困的體系之內，而能否正確選擇和操縱這些體系，在很大 程度上決定著這些生物工程過程的大多數是否能后成功。 在工業上，操作規模大都是很大的。后的成功幾乎都需要 生物學家與工藝工程師之間較密切的合作。由此也可看出生 物工程的真正邊緣學科的性質了。